En mars 1943, les bureaux de cinq des six sections de la Sipo-SD, police de sûreté allemande, s’installent dans l’École du service de santé militaire. La section IV, connue sous le nom de Gestapo, est dirigée par le lieutenant Klaus Barbie. Elle est chargée de la lutte contre la Résistance et de la traque des populations juives.
L’école devient alors le centre d’interrogatoire des résistants et des Juifs arrêtés par la police allemande. Incarcérés à la prison de Montluc, les détenus sont conduits au siège de la Gestapo où ils subissent des interrogatoires brutaux. Les caves du bâtiment Larrey sont transformées en cellules réservées aux prisonniers, avant leur interrogatoire dans les étages du bâtiment. De nombreuses exécutions sommaires sont commises dans les locaux, tandis que la torture y est pratique courante.