Le CHRD est aménagé dans un lieu hautement symbolique : l’ancienne école du service de santé militaire, réquisitionnée par la Gestapo entre les printemps 1943 et 1944.
En 1888, le ministère de la Guerre choisit Lyon pour accueillir l’École du Service de santé militaire (ESSM), qui a vocation à former les médecins et les pharmaciens militaires. La construction des bâtiments se fait sous la direction de l’architecte en chef de la Ville, Abraham Hirsch, sur un terrain attenant à l’avenue Berthelot. Les locaux, qui s’organisent en trois pavillons disposés autour d’une vaste cour intérieure arborée, sont achevés en 1894.
Les deux guerres mondiales bousculent la formation des élèves, surnommés « Santards ». Ces derniers sont appelés d’office aux Armées pour exercer leurs compétences – un engagement que beaucoup paieront de leur vie.
Suite à l’armistice du 22 juin 1940, l’école perd son statut militaire. Elle reste toutefois une école de santé et voit revenir les Santards qui n’ont pas été faits prisonniers. Ces derniers doivent partager les locaux avec des élèves polytechniciens, dont l’école s’est repliée à Lyon.
Mais à partir d’avril 1943, la Gestapo de la région lyonnaise, dirigée par Klaus Barbie, réquisitionne les lieux. Elle les occupera de sinistre mémoire jusqu’au bombardement allié du 26 mai 1944, qui touchera durement les bâtiments.
À la Libération, la Ville de Lyon entame leur réfection, confiée aux architectes Victor Clermont et Étienne Deschavannes. La façade avenue Berthelot, la plus dévastée, est démolie et remplacée par un portique. Le chantier s’achève en 1962.
En 1981, l’ESSM est délocalisée à Bron. Elle cède la place à « l’Espace Berthelot », un ensemble d’institutions à vocation scientifique, culturelle et éducative, dont le CHRD fait aujourd’hui partie. Inauguré en 1992, le musée occupe la majeure partie de l’aile est des bâtiments.
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